通常情况下，骨髓移植是指造血干细胞移植，获取干细胞可以通过骨髓、外周血和脐带血三种途径。
捐献者需要先进行全麻或局部麻醉，然后在患者的双侧髂前上棘和髂后上棘进行穿刺，抽取骨髓。使用这种方法对供者损伤稍大，还需要麻醉等辅助措施，但在获取干细胞的同时还可获得一定数量的基质细胞，更有利于造血的长期稳定重建。基本只在少部分血亲供者选用。
通过粒细胞集落刺激因子动员骨髓，使造血干细胞进入外周血，然后通过血细胞分离机采集造血干细胞。这种方法对捐献者几乎没有损伤，临床上大多采用这种方法获取干细胞。
在分娩时采集脐带血，其中含有丰富的造血干细胞。但脐带血中造血干细胞绝对数量较少，且免疫原性较低，在使用中有一定的限制性。
