免疫缺陷病可能有以下原因引起：
患者可能会在胚胎发育的过程中在母体内受到病毒、寄生虫感染、基因突变等先天性病因引起，导致胎儿免疫功能出现异常引起免疫缺陷病。
有些免疫缺陷病是遗传引起的，如果患者家族中有确诊的患者，就会导致个体携带致病基因的几率增加，比如常染色体隐性遗传病中的补体缺陷病，父母双方都是携带致病基因，但父母正常，如果后代得到两条携带致病基因的染色体，就会发生免疫缺陷病。
患者会因为受到细菌、病毒感染后导致免疫性功能受损，引起免疫缺陷病。
如果患者患有恶性肿瘤，在接受长时间的放疗、化疗后可能会损伤到免疫系统，引起免疫缺陷病，患者也会因为其它疾病导致长时间使用免疫抑制剂和糖皮质激素类药物，出现的毒副作用损伤机体，抑制免疫系统的正常功能，引起免疫缺陷病。
