肛瘘的典型症状主要包括肛周脓破，自行溃破或者切开排脓后，伤口经久不愈而形成肛瘘外口。临床主要症状为自瘘管外口反复流出少量的脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，还会伴随瘙痒感。
如果外口暂时封闭脓液积存，局部则可能会出现胀痛、红肿，封闭的外口可再次穿破，或者在附近穿破形成另外一新的外口，如此反复发作，可形成多个外口。
部分肛瘘的人群还可能伴有贫血、身体消瘦、排便困难、精神萎靡、神经衰弱等。在贫血时，继发感染，还可能出现体温升高等。
