大便中有害物质不是由肠道制造的，而是食物经过消化后的代谢产物。
人在进食食物后，食物的营养成分被消化吸收，未被吸收而产生的食物残渣部分由消化道通过大肠后从肛门排出就会形成大便。食物主要是在肠道和胃内进行消化，主要依靠消化酶的作用。结肠内不产生酶，主要是各种细菌参与消化，包括大肠杆菌、链球菌、厌氧菌和乳杆菌等。
肠细菌的作用主要是产生维生素B和维生素K、胃酸等生理需要的物质。健康的人大便并没有毒素，也没有恶臭味，大便的臭味主要是肠道内的有害菌分解食物后散发出来的臭味，属于正常生理现象。
只有便秘的患者，由于粪便在肠道内停留的时间过久，粪便中的食物残渣经过细菌的异常发酵、腐败后会产生对人体有害的毒素。比如吲哚和粪臭素是由于蛋白质被肠内细菌分解后形成的物质。
