一般情况下，肚子疼有时疼有时不疼在临床上称为阵发性腹痛，导致阵发性腹痛的原因有很多，常见的有以下几种：
由于吸烟、酗酒、幽门螺旋杆菌感染的原因导致胃部出现溃疡，当进食后，胃蠕动加速、胃酸分泌增多，不断刺激溃疡部位而出现疼痛，食物排空后会逐渐缓解。一般会出现进食－疼痛－缓解的规律，如此反复就会出现阵发性腹痛，导致肚子疼有时疼有时不疼。
当十二指肠溃疡面受到高浓度胃酸刺激时会出现疼痛，尤其是空腹、夜间比较明显，进食后得到缓解，导致出现肚子疼有时疼有时不疼的情况。
部分女性在受凉、劳累等情况下，会出现痛经，一般在休息、热敷后缓解，下床活动后再次疼痛，因此也会出现肚子疼有时疼有时不疼的症状。
当患有卵巢肌瘤、子宫肌瘤等疾病时，肿瘤组织刺激子宫周围组织而出现肚子疼有时疼有时不疼的情况，随着肿瘤组织不断增大，也可能会出现持续性腹痛。
