直肠黏膜内脱垂不存在最佳治疗措施的说法，需要结合病情严重程度采取保守治疗或手术治疗。
受病变影响，患者可出现排便困难、便秘等情况，如果患者病情相对轻微，暂时可采取保守治疗。一方面，指导患者注意日常生活饮食习惯调整，多吃一些粗纤维食物，保持大便通畅。例如：新鲜蔬菜、水果、菌类食物等。同时，要多喝水、适当运动，促进胃肠蠕动，减少粪便在肠道停留时间。另一方面，可以在医生指导下，使用开塞露以及其他通便药物，比如复方芦荟胶囊、润肠胶囊、麻仁软胶囊等，以帮助粪便顺利排出，日常可以进行提肛锻炼，强化盆底肌肉功能，帮助稳定病情。
如果患者病情严重，在经过正规保守治疗后，临床症状改善不明显，就要考虑手术治疗；手术方案包括吻合器痔上黏膜环切术（PPH手术）、直肠黏膜悬吊术等，需要结合患者个体情况选择应用。
该病变对患者影响较明显，建议患者及早就医并正规治疗，不要自己随意用药，以免影响治疗效果。
