顽固性头痛的原因主要包括功能性病变、器质性病变以及其他因素等。
精神紧张、劳累、生气、寒冷刺激、神经官能症等功能性的病变，会让神经和血管反复的出现收缩和痉挛，影响神经传递、脑组织的供血和供氧，引起头痛。病因不能完全避免，头痛症状反复发作，程度会进行性加重，药物治疗后好转，但容易复发，导致顽固性头痛。
脑膜癌、头部血肿和颅内压增高等器质性病变，一方面是脑组织受压影响脑部血液循环引起头痛，一方面脑组织发生水肿，神经功能发生障碍，也会出现头痛。如果病因未能得到有效的治疗，也会造成顽固性头痛。
心理疾病、过量服用镇痛药物等因素，也有可能引起顽固性头痛。
顽固性头痛很难治愈，但是确诊后，在医生指导下使用甲氨蝶呤、阿糖胞苷和噻替哌等药物治疗，可以控制症状和减少头痛发生。
