神经源性肠道功能训练禁忌证为：当患者存在完全性机械性肠梗阻、胃肠出血、严重腹腔感染、严重应急状态，早期休克状态、持续性麻痹性肠梗阻、高流量空肠瘘、顽固性腹泻，严重小肠炎，胃肠功能障碍等情况时，不建议进行。
在进行神经源性肠道功能训练时，需要谨遵医嘱，在医生指导下进行，常采用肛门牵引技术、肛门括约肌训练术、盆底肌力训练等。在进行神经源性肠道功能训练时，如果应遵医嘱进行训练，若盲目的进行训练，有可能会加重病情，甚至还有可能会危及到生命。
神经源性肠道功能训练主要针对于神经源性肠道功能障碍的患者，除了进行功能性训练外，还需要积极采用一些调理植物性神经的药物及调理肠道功能紊乱的药物治疗，比如：谷维素、氟西汀、多潘立酮等。
