霉菌性食管炎的治疗存在个体差异，没有最好的药物。主要根据患者的病情使用抗真菌药、抑酸护胃药、解痉止痛药以及微生态调节剂等药物进行治疗。
霉菌性食管炎确诊后需要尽早使用抗真菌药物进行治疗，常用的药物包括伊曲康唑、制霉菌素等。这些药物对胃黏膜有刺激性，建议饭后服用。
可以使用PPI类药物雷贝拉唑或奥美拉唑，或H2受体阻断剂等抑制胃酸的分泌。同时，服用硫糖铝或铋剂等保护胃黏膜，阻止胃酸的刺激，促进黏膜的修复。
霉菌性食管炎患者会出现胸骨后烧灼痛、隐痛等等症状，可以使用解痉药物山莨菪碱等，缓解疼痛症状。
发生霉菌性食管炎主要与菌群紊乱有关，可以服用益生菌调节内环境，维持微生态平衡，有助于病情恢复。
如果经过上述治疗，症状不见减轻，建议尽早就医。此外，霉菌性食管炎多见于糖尿病或者是手术后患者、恶性肿瘤晚期、白血病患者等身体抵抗力下降的人群，需要查明原发疾病后针对原发疾病进行治疗。
