女性衣原体感染很难自愈，需要使用敏感抗生素，如克拉霉素，罗红霉素，阿奇霉素，美满霉素，强力霉素，左氧氟沙星，环丙沙星等药物，按疗程治疗可以痊愈。
女性衣原体感染，容易引起生殖器炎症，比如阴道炎、宫颈炎或者尿道炎等。如果不及时治疗，病情进一步发展，有可能会引起子宫内膜炎或者输卵管炎症，导致输卵管粘连或者堵塞等。严重的会影响女性生育功能。
女性如果确诊生殖器官感染有衣原体，需要积极配合医生做药物敏感试验，确诊对哪种抗生素敏感后，遵医嘱使用敏感抗生素消炎治疗。一般14天左右为一个疗程，大多数一个疗程可以痊愈。
有些女性感染衣原体如果不及时治疗，引起子宫内膜炎或者盆腔炎后，就会增加治疗的难度。容易出现慢性炎症，影响女性怀孕等。
女性衣原体感染，大多数通过性生活传染。所以感染有衣原体的女性，需要暂时禁止性生活。
