巧克力囊肿的治疗方案取决于病情的严重程度，如果巧克力囊肿不严重，可以按照常规程序进行胚胎移植。如果囊肿较为严重，且CA125水平较高，建议考虑进行降调替代周期移植。在月经周期的第一个月，注射一支长效的GnRHa类药物。注射后大约30天，开始准备用药以促进子宫内膜生长，用药大约10天。之后回医院检查子宫内膜的情况，如果一切适宜，则可以安排移植。一般来说对于巧克力囊肿我们采取上述方法。
如果囊肿很小CA125水平也不高，患者在第一次移植时也可以选择自然周期或替代周期移植。如果囊肿较大CA125水平也高，可以考虑上述提到的降调替代周期移植方法。
