幽门螺旋杆菌可导致胃炎，其产生的毒素会损伤胃黏膜引起胃部炎症，长期炎症刺激可能导致胃黏膜萎缩、肠化不典型增生甚至发展为胃癌，这是幽门螺旋杆菌的危害所在。
然而不必过分紧张，幽门螺旋杆菌并非导致这些炎症的唯一因素，还有许多其他因素，尤其是消化液，如胃酸和胆汁，如果它们持续损伤胃部其危害可能比幽门螺旋杆菌更大，胃酸和胆汁具有极强的消化能力。
幽门螺旋杆菌在胃部损伤中可能只起到协同作用，如果没有严重的胃病不必急于根除幽门螺旋杆菌。对于有严重胃病的患者应首先找到病因，并在治疗严重胃病的同时考虑根除幽门螺旋杆菌。
