出入肝门的结构包括肝脏动脉、门静脉、胆管以及在肝门包裹管道结构的淋巴、脂肪等组织。
肝门是重要的管道结构进出肝脏的位置，而肝脏存在双重血液供应，进入肝脏的血管包括肝脏的动脉及门静脉。其中肝动脉给肝脏提供氧气，而门静脉则收集来自消化系统，特别是胃肠道、胰腺、脾脏的血液。上述血液中含有丰富的营养物质以及身体的代谢废物，可通过门静脉进入肝脏，既给肝脏提供营养，又需要肝脏对代谢废物进行转化、解毒等。
肝门还含有肝内的各级胆管汇合而成的肝总管及胆总管，胆汁由肝脏合成，再经由胆管系统流入十二指肠，从而帮助消化和吸收脂肪类食物。
