胰腺囊肿的诊断标准是影像学检查发现有囊性占位，可以通过X线扫描、CT检查、或核磁共振（MRI）等确诊。
不管胰腺上的囊肿是囊性的还是实质性的，都需要通过影像学检查来判断囊肿的边界、大小、生长位置、和胰腺的关系，甚至可以检测出囊中液体的成分，密度高低和清亮还是浑浊等。通过CT、磁共振检查，可以发现胰腺囊肿的边界非常清楚、有完整的包膜，囊内含有液体、呈透亮的低密度影。通过MRI可以将它的密度和胆囊内胆汁的密度做对比，如果是比胆汁密度还要低的囊性的病灶，则可以充分考虑是胰腺囊肿。
