肾盂肾炎常见的感染途径有：
病原菌从尿道上行至膀胱，甚至输尿管、肾盂，引起感染称为上行感染，约占尿路感染的95%。正常情况下尿道口周围定居着少量肠道菌群，但并不致病，在某些因素如性生活、尿路梗阻、医源性操作、生殖器感染等影响下，可导致上行感染的发生。
指致病菌通过血液到达肾脏和尿路引起的感染，此感染途径少见，不足2%。多发生于患有慢性疾病或接受免疫抑制剂治疗的病人，常见病原菌有金黄色葡萄球菌、沙门菌、假单胞菌、白色念珠菌等。
泌尿系统周围器官、组织发生感染时，病原菌可直接侵入到泌尿系统导致感染。
盆腔和下腹部的器官感染时，病原菌可从淋巴道感染泌尿系统，但极少见。
