原发性肝癌的预后主要取决于确诊时肿瘤的临床分期，即肿瘤大小、数量、有无血管侵犯、肝外转移，以及患者的自身体力状况和肝功能等因素，但肝癌总体预后不佳，5年生存率不到15%。
早期肝癌通过根治性手术切除后，5年生存率可达60-70%，早期肝癌是指直径小于5cm的单个肿瘤，或者2-3个肿瘤，最大直径小于3cm，以及无血管癌栓，肝功能较好，这种情况建议尽早手术切除，以争取临床治愈，并在术后坚持定期复查，一旦发现复发及时治疗。
对于较大的肝癌或合并血管侵犯，甚至肝外转移的晚期肝癌患者，可采取介入、靶向药物、免疫治疗，尽量延长患者生命。
