肾囊肿有可能会引起肾积水和感染，肾囊肿过大还可能压迫正常肾组织，导致肾功能不全，肾囊肿破裂还可能导致局部感染、出血，甚至可能出现大出血而威胁到患者生命。
肾囊肿的轻重程度不同，所引起的后果也可能各不一样，肾囊肿较小时，一般不会带来问题。随着肾囊肿不断长大，压迫到肾组织后，可能会造成局部的肾积水，压迫到肾盂还可能造成感染，患者可能表现为腰痛、发热，以及尿频、尿急、尿痛等症状。
肾囊肿较大、数量较多时，特别是多囊肾患者，可以压迫正常肾组织，造成局部肾功能丧失，严重时可能导致肾功能不全。
在肾囊肿的长大过程中，还可能因为肾囊肿破裂造成局部感染和出血，严重的甚至导致大出血而需要介入治疗甚至外科治疗。
发现肾囊肿后，应到医院评估肾囊肿大小、个数、位置，判断是否可能出现并发症，并定期复查。
