川崎病是否会留下后遗症，取决于病情的严重程度，多数川崎病的患儿在完全治愈之后不会留下后遗症。
有些患儿在病情发作期间，由于病情比较严重，长时间发生高热，可能会损伤到心血管系统，患儿会出现休克、吞噬细胞活化综合征，其中以冠状动脉并发症发生率较高，如果冠状动脉形成瘤，后遗症就很大，可能持续终生，所以为了预防冠脉瘤的出现，在早期一旦确诊川崎病就一定要规范足量用药，并且在医生指导下进行定期生化结果和心脏彩超复查。
川崎病的发生主要是由于感染、免疫因素、遗传因素等原因导致自身免疫系统的异常激活，从而会发生血管炎性损害。所以一旦被确诊为川崎病，要积极进行治疗，预防并发症的发生。
