胃肠道间质瘤还没有确切的预防方式，应重视定期进行检查，调整个人的饮食习惯。
胃肠道间质瘤发病原因不确定，可能和家族因素有一定的关系，因为其他部分的良性疾病，包括神经纤维瘤等，也有可能会诱发该疾病。对于胃肠间质瘤没有确切的预防方法，应注意改善个人的生活环境，调整个人的饮食习惯，如果有其他基础性疾病的应及时进行治疗。家族中有胃肠间质瘤病史的，应定期进行检查。
胃肠间质瘤的恶性程度高低不同，临床上没有确切预防方法，预后关键主要在于早期发现和早期治疗。
