慢性结肠炎需要根据患者的临床症状，结合患者体征和辅助检查结果进行综合评估后才可以确诊。
慢性结肠炎患者的临床症状主要以持续存在或突然加重的腹痛、腹泻、大便呈黏液便或脓血便，伴有发热、恶心呕吐、体型消瘦、体重下降等症状。查体有明显的腹部压痛感，血常规化验检查，白细胞和中性粒细胞上升或下降。如果患者出现上述情况，需要进一步进行便常规化验、结肠镜检查和病理学检查以及腹部CT检查等，根据检查结果结合临床症状进行分析后就可以确诊慢性结肠炎。
