梗阻性肥厚型心肌病可以通过以下方法治疗：
梗阻性肥厚型心肌病，在治疗时可以选择药物减轻左心室流出道梗阻，其中β受体阻滞剂，比如：美托洛尔、比索洛尔等，可以改善心室松弛，增加心室舒张充盈时间。另外还需要选择非二氢吡啶类钙离子拮抗剂，比如：维拉帕米、地尔硫卓等，可以减弱心肌的收缩力，减慢心室率。
甚至，患有梗阻性肥厚型心肌病的患者，如果出现左心室增大，左心室收缩功能下降时，还需要加用利尿剂（比如:呋塞米、氢氯噻嗪等）、血管扩张剂（比如：异丙肾上腺素、硝苯吡啶等）、正性肌力药物（比如：多巴胺、多巴酚丁胺等）等药物治疗。
经过药物治疗无效者，或者是存在药物治疗禁忌证时，可以选择手术治疗，包括室间隔切除术、酒精室间隔消融术、起搏器治疗等。
