肝癌包括肝细胞癌、胆管细胞癌和混合型肝癌。其中肝细胞癌可以通过影像学和实验室检查，临床确诊，无需穿刺获得组织病理。但另外两种类型的肝癌，确诊依据主要是组织病理学检查。
在超声引导下做肝脏穿刺活检，提取可疑的组织细胞进行实验室检查，如果能够检查到癌细胞，可以直接做出肝癌的诊断。但因为穿刺过程中有可能引起出血或者癌细胞扩散，所以并不作为常规检查。
甲胎蛋白化验和转铁蛋白化验是诊断早期肝癌的两项主要肿瘤标记物，如果这些肿瘤标记物的测定值显著增高，常提示有患肝癌的可能。
通过超声或者核磁共振、CT等检查，发现肝脏上有异常占位性病变，并且病变的包膜不完整、边界不清楚、血流丰富时就要警惕肝癌。
影像学检查和肿瘤标记物检查均有阳性结果时，一般都可以直接诊断。
