胃肠间质瘤最好进行超声内镜检查，明确病变的来源、深度以及是否有浸润以及突破浆膜层；部分患者可以进行普通的内镜检查确诊。
胃肠间质瘤可以发生于消化道的任何部位，其中胃部以及小肠部位比较多见。对于发生于胃黏膜以下部位的间质瘤，普通的内镜检查不能够发现病灶，也不能够进行活检，这种情况需要进行超声内镜检查，明确病变的病理类型，测量肿瘤的大小。如果肿瘤侵犯到胃黏膜，普通内镜可以活检的情况下，则不需要进行超声内镜检查。
胃肠间质瘤是否需要进行超声内镜检查并不完全固定，主要取决于肿瘤的情况。
