在进行主动脉夹层手术后，部分患者往往会出现一些后遗症，主要包括肢体活动障碍、内瘘等。对患者术前由于局部血流供应不足等情况，而导致的肢体活动度欠佳者，其损害有可能是不可逆的，所以患者术后的症状有可能会改善不明显，部分患者仍会存在下肢活动障碍，甚至有偏瘫的可能。
患者的术后后遗症还包括内瘘。内瘘主要是由于血管内膜的支架，不能完整覆盖住原有的血管内膜缺损处，导致仍有部分血流进入到原有的夹层腔内，所形成的一种病理状态。部分严重内瘘患者还可能会出现夹层破裂。
另外，血栓形成、支架闭塞等也是主动脉夹层手术后的后遗症。
