手术是治疗肛瘘的治愈性手段，通过手术治疗可以将瘘管切开或切除，有利于创面的恢复。
- 首先，瘘管切开术适用于单纯性低位肛瘘，主要是切开瘘管刮去瘘管内肉芽组织，术后外用药坐浴，有利于加速创面的愈合。
- 其次，挂线疗法适用于高位单纯性或复杂性肛瘘，此方法可避免括约肌一次切开断裂收缩，继而导致术后肛门失禁，但恢复期较长，术后需要紧线。
- 另外，肛瘘切除术一般适用于低位单纯性肛瘘，可一次性将全部瘘管切除，在临床上，保留括约肌的肛瘘切除术在高位肛瘘治疗中得到广泛应用，但是，有一定复发率。
但需要注意的是，如果患者有严重的感染，在手术前应先进行抗感染治疗。
