复杂性肛瘘可以通过视诊、触诊、肛门镜、直肠超声，肛周核磁共振、探针等相关的检查来明确。
视诊可以看肛门周围是否有破溃口，溃烂等。
肛门指捡可以判断是否有条索状的管道。
直肠腔内彩超可以测定肛瘘的范围、位置以及内口的分支等情况。
而肛周核磁共振检查可以判断肛门周围软组织的侵犯范围、层次，相对于其他的检查更为准确。
另外，在手术当中可以采取美蓝结合探针来判断肛瘘的内口、走向等情况。
对于复杂性肛瘘，需要专业医生根据患者的病情来决定，明确后及时采取手术治疗。
在日常生活中，患者需要清淡饮食，注意肛周卫生。
