先天性心脏病的发病率，据统计在千分之六到千分之八之间，先天性心脏病是我国先天性出生缺陷的第一大疾病。
由于我国人口众多，所以出生缺陷的人数较多。中国出生缺陷总发生率大概是5.6%，而每一年新增加的出生缺陷就达到90万人，所以，先天性心脏病是我国最常见的出生缺陷。
先天性心脏病的发病率其实还是比较高的，但是随着医疗技术不断提升，大多数的先天性心脏病患者经过治疗，而得以存活，但是仍有部分患者并未接受治疗。这可能与早期诊断率低有关系，尤其在基层，由于卫生服务能力的不足，先心病的诊断率比较低，有些先心病患儿没有被及时发现，错过最佳治疗时机。所以还需提高检出率。
