房扑和房颤根据个人的情况不同，病情的严重程度也不同，一般来说房颤的危害更大一些，主要从发病机制、并发症、预后方面进行分析。
房颤是指规则有序的心房电活动丧失，代之以快速无序的颤动波，心房无序的颤动即失去了有效的收缩与舒张，心房泵血功能恶化或丧失，并且引起心室极不规则的跳动，尤其是长时间的持续会影响心功能，其中房颤的心律是绝对不齐的；而房扑的患者则可能出现心房率等于心室率的情况，大大减轻了患者不适感和并发症。
房颤发生的时候心房已经失去有效的收缩和舒张的功能，心房在颤动的频率相对较高，一般房扑的频率通常是在250次到350次每分，而房颤的频率通常在350次到600次每分钟，所以房颤形成血栓的风险也较大，血栓脱落之后会引起全身动脉系统的栓塞，尤其是脑栓塞的风险会明显的增加。
同样的导管射频消融手术下，典型的房扑手术治疗成功率高达百分之九十五以上，而房颤仅为百分之七十左右。
