发现有卵巢囊肿的患者，首先需要区分是生理性囊肿还是病理性囊肿。
生理性囊肿比较常见，比如黄体囊肿、滤泡囊肿等。一般生理性囊肿可以继续密切观察1到2个月经周期之后，复查B超，囊肿消失，就考虑是生理性囊肿，而如果囊肿持续存在，就考虑是病理性囊肿。建议需要进一步完善肿瘤标记物等检查。
如果是卵巢的真性病理性囊肿，建议考虑进行腹腔镜手术治疗，主要在于进行病理学诊断，除外卵巢恶性肿瘤的可能性，如果病理性囊肿持续存在，在一定的情况下，有可能会出现卵巢囊肿破裂、扭转等一些并发症，需要急诊手术。
此外，对于卵巢囊肿的患者，有一部分可能是卵巢的子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种表现形式。对于巧囊的患者，如果有生育要求，可以考虑手术治疗或者是IVF治疗。对于巧囊手术之后，复发的子宫内膜异位囊肿的患者，一般不建议再次手术治疗，可以考虑药物治疗。
卵巢囊肿的患者，在生活上需要注意避免过于剧烈的运动，以免导致卵巢囊肿扭转或者破裂的可能性。
