肠道微生态失衡，轻度的会导致菌群失调、消化不良，有可能会引起腹泻、便秘，也有可能会导致口臭、放臭屁等。严重的还有可能会诱发肠道内的其他病变，比如肠道肿瘤。
正常人体肠道内会保持一个菌群平衡，有益菌和有害菌相互制约。所以肠道内一般不会出现相关的病变。当菌群失调的时候，一般是有害菌增多有益菌减少，有害菌就会导致肠道内消化不良的症状，会出现肠道内异常发酵，所以就会导致肠道胀气以及排气过多、口臭等症状。
肠道菌群失调以后，有害菌大量滋生刺激肠道黏膜就有可能会发生肿瘤，比如幽门螺旋杆菌感染就容易导致胃癌的发生。
