首先并非所有的肾囊肿都需要治疗的，肾囊肿的治疗主要是依据囊肿大小、肾功能等情况，综合判断后来选择不同的治疗方案。
当肾囊肿较小时，直径小于4cm的，常无症状，一般不需要治疗。
如果肾囊肿大到压迫了肾实质，影响肾功能，部分囊肿需行手术治疗，可以选择切除囊肿，也可通过肾囊肿穿刺引流和硬化剂注射，即用针头穿入肾囊肿，将囊液抽出，然后将硬化剂注入囊内，可使囊壁产生炎症，让不同的囊壁相互粘连，没有囊液分泌，囊肿就能达到治愈的效果。
