发烧肾疼可能是急性肾盂肾炎所引起的，也可能是某些急进性肾小球肾炎或者是肾脓肿导致的，另外也不排除肾结石的可能性。
如果出现自身免疫力低下很容易出现尿路感染，而且还会导致间接性肾炎，在发病期间通常会出现高烧不退和寒战，常常还会伴随着肾区疼痛，血常规会出现白细胞总数升高，而尿常规检查会出现白细胞明显的增高，通过尿液培养可以找到细菌。
抗GBM抗体导致的新月体肾炎和ANCA相关性小血管炎肾损害都可能在疾病进展期出现发热、腰痛，当然不同类型肾脏病往往还有其他的一些伴随表现，如ANCA相关性血管炎肾损害往往还伴有纳差、全身肌肉疼痛等症状。
患者会有肾区疼痛及发热，肾脏超声或CT可帮助诊断。
如果患有泌尿系统结石，若结石造成嵌顿，造成肾盂积水，可能会继发感染，出现肾盂肾炎，会有肾区阵发性疼痛和发热等表现。有时还伴有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。
