儿童腹型癫痫，主要根据患儿的临床表现和医学相关检查进行鉴别诊断。
儿童腹型癫痫在发作时以腹痛为主要特征，患儿年龄较小，难以用语言表达清楚，常会导致诊断困难，可能会被误诊为急性肠胃炎，但急性肠胃炎可能伴随腹痛、腹泻等表现，血常规检查中急性肠胃炎有明显的炎症因子。
另外，儿童腹型癫痫在发作时常伴随脑电图的异常变化，脑电图表现有颞叶局灶性改变，可见阵发性快波或慢波、弥漫性快波或慢波，是儿童腹型癫痫的典型表现。
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