对于肥厚型心肌病合并有高血压者，患者往往需要进行内科治疗或者外科治疗。
其中，肥厚型心肌病合并高血压的内科治疗的目的是降低患者猝死率，提高患者的心室的顺应性，可以在医生的指导下，使用降压类的药物以及β受体阻滞剂等。部分患者在病情进展的晚期，还常出现房颤，此时患者还需要及时遵医嘱使用抗凝类药物，来防止栓塞性疾病的发生。
对于肥厚型心肌病合并高血压者的外科治疗，主要是进行肥厚室间隔肌肉的切除手术以及二尖瓣成形或置换术。对于晚期合并心衰明显者，往往还需要进行心脏移植手术。
