胃食管反流患者长期服药，可能会出现副作用。
如果患者长期服用奥美拉唑、泮托拉唑等质子泵抑制剂类药，可能会出现便秘、腹泻、腹胀、恶心，偶有皮疹、胆红素一过性增高等副作用。
如果患者长期服用胶体果胶铋、枸橼酸铋钾等铋剂类药物，可能会出现皮疹、便秘、黑便、肾功损害、肝功损害、皮炎、锥体外系损伤等副作用。
如果患者服用雷尼替丁、西咪替丁、法莫替丁等H2受体阻滞剂，可能会出现头晕、恶心、呕吐、便秘、口干、心率加快、女性出现溢乳症、男性出现乳腺增生等副作用。
