如果活检确诊为胃肠间质瘤，均应手术切除；如果无法活检，密切随访监测（3个月）是一种有效的选择；如果随访过程中肿瘤直径增加或出现症状，可以考虑外科手术切除。
对于局限性的胃肠间质瘤，手术切除是标准的治疗方法，必要时需要清扫淋巴结，对于高复发风险者，可术后辅助口服伊马替尼。
对于晚期、转移性胃肠间质瘤，伊马替尼是标准一线治疗；若疾病进展或伊马替尼不耐受，标准二线治疗是舒尼替尼；对于使用伊马替尼、舒尼替尼后疾病进展或无效的患者，标准三线治疗是瑞格非尼；对于使用伊马替尼、舒尼替尼、瑞格非尼后疾病进展或耐药的患者，标准四线治疗是持续口服利普利尼。
