胃肠间质瘤主要的治疗手段是手术治疗，以及靶向药物治疗。
胃肠间质瘤有不同的性质，其中部分倾向于良性的间质瘤，生长速度比较慢，这部分病人没有症状的可以定期进行复查。如果伴有明显症状的，则可以考虑进行手术治疗，大部分手术之后不会复发。但对于恶性程度比较高的间质瘤，在确诊之后应该及时进行手术，手术之后，还需要考虑长期使用靶向药物治疗，防止复发。
胃肠道间质瘤治疗手段并不完全相同，需要根据患者的病情，肿瘤的类型以及分期等而决定，需要联合多学科进行综合治疗。
