慢性前列腺炎主要的症状之一就是多部位的慢性疼痛。
除尿急、尿频和性功能方面的障碍外，慢性前列腺炎的第三大症状就是多部位的慢性疼痛。这种疼痛可以发生在腰骶部，也可以发生在下腹和会阴部，为一种持续性的酸胀感，变换体位或敲击时不会有改变。
当出现在腰部时，通常为双侧性或/和腰部中央，如果出现在腰部中央则需要和椎间盘突出等疾病鉴定，如果为单侧性的则腰肌劳损，则肾结石为常见原因，而非慢性前列腺炎。
会阴部酸胀需要和尿道疼痛鉴别，后者表现为尿道内灼热或不适，常因尿路感染所致，治疗与慢性前列腺炎不同。
