肠胃炎的治疗主要分两大类，首先就是针对于病原微生物的治疗，如有细菌感染，针对细菌选择抗生素。还有病毒感染，可以用一些中医中药来治疗，但很多的肠道病毒感染有自限性，到一定的时机，就好转了。
除了针对病原微生物治疗，还可以针对病人的腹泻情况给一些对症的治疗。可以用一些肠道益生菌，或者用一些肠道黏膜的保护剂。还有可以用一些中药，都可以针对病人的症状给予治疗。
如果病人出现发热的情况，血常规白细胞升高了，还可以用一些抗生素来进行治疗。
对于脱水的病人，要进行积极的补液治疗。休克病人，必须尽快进行静脉补液，同时针对肠胃炎进行治疗。
