胆总管结石的病因实际上就是肝内和肝外胆管结石的病因，胆总管结石往往是胆囊结石或者肝内胆管结石脱落进入到最下段，因为胆总管属于下游，所以上游的任何一个部位长石头，最终会掉到胆总管里。
胆总管结石主要分胆固醇结石、胆红素结石，还有混合性结石，如果石头是从胆囊里掉下来的，多数都是胆固醇结石，如果石头是从肝内胆管掉下来的，多数都是胆红素结石，石头可以通过颜色来辨别，胆固醇结石往往都是黄色的或者无色的或是白色的，胆红素结石往往都是黑色的，像煤渣一样，胆固醇结石往往比较偏大一点，胆红素结石都比较细小，这是胆总管结石的原因。
