甲状腺大部切除术的危害有继发甲状腺功能减退、术中损伤后患神经、损伤甲状旁腺周围组织器官出现相应并发症。
但由于甲状腺病变给予甲状腺大部切除术后，部分情况下由于残留的甲状腺组织分泌甲状腺激素量减少，可造成患者出现永久性的甲状腺功能减退，从而终身需要服用甲状腺素来维持正常的甲状腺功能。
此外，甲状腺大部切除术过程中，可损伤到周边的组织或器官。如损伤到喉返神经，出现声音嘶哑；损伤喉上神经导致音调改变、饮水呛咳；损伤甲状旁腺导致低钙血症出现肢体麻木、抽搐，严重时可导致呼吸肌麻痹而危及生命。
