腹腔镜治疗胃食管反流是存在一定风险的。虽然腹腔镜治疗胃食管反流属于微创治疗，相比较开腹手术来说风险比较小，但毕竟属于侵入性手术，需要进行麻醉，所以仍然存在发生麻醉意外的风险。另外，胃和食管连接的部位血管分布比较复杂、分支多，在手术过程中也存在大量出血的可能。此外，术后也有可能发生食管狭窄、感染、腹胀、腹泻等并发症。
所以，在进行腹腔镜手术治疗胃食管反流之前，要对患者进行全面的检查和评估，排除手术禁忌症后再进行手术。对于合并明显食管裂孔疝的胃食管反流患者才建议手术治疗。
