亚急性甲状腺炎（亚甲炎）的治疗方案主要包括减轻症状和针对甲状腺功能异常的治疗。
如果全身症状比较轻，可以不用药物治疗，适当地休息，不要吃辛辣刺激的食物，多饮水，如果颈部疼痛，可以使用非甾体类的消炎止疼药物。
如果亚甲炎的患者全身症状比较重，出现发热，畏寒，疲乏无力等症状，就需要药物治疗，改善症状效果较好的是糖皮质激素治疗，但是糖皮质激素使用的时候，要按疗程使用，不能停药过快，以免引起病情反复，甚至加重。有些患者会出现激素撤减困难，因此有些患者可以使用解热镇痛药和中药进行治疗，改善症状。
如果亚甲炎的患者合并永久性甲状腺功能减退症，则需要补充甲状腺激素替代治疗。
