原发性三叉神经痛需要与下列疾病进行鉴别：
临床疼痛性质与三叉神经痛相似，呈阵发性针刺痛，刀割痛，电击痛，缓解因素与三叉神经相似，一般是口服卡马西平，舌咽神经痛疼痛的部位与三叉神经痛的部位不同，舌咽神经痛位于咽后壁，舌根部，扁桃体窝，耳内部，舌咽神经痛发作的部位比较深在，面部可以触摸到，诱发因素一般是做吞咽动作。
疼痛位于面部，疼痛呈持续性针刺痛，灼痛，拉痛，有时呈持续性疼痛阵发性加重，疼痛区域内有感觉过敏或感觉减退，面部可以触摸，压痛明显并存在持续性的感觉异常。
疼痛局限于一侧面部，呈持续性，从面部深层向四周扩大，疼痛呈火烧样，症状主要发生在白天，伴有感觉异常，疼痛多发生于眼球深部，颊部，鼻部，和前额与关节和肌肉无关，没有明确的扳机点。
主要表现为牙龈及颜面部持续性胀痛、隐痛，疼痛严重时伴有同侧颞部、鼻部疼痛。
