双肾结石如果结石较小，没有形成明显梗阻的时候，绝大多数患者是没有任何临床表现的，通常是在体检的时候偶然发现。
如果结石形成了急性的梗阻，患者可能会出现急性的肾绞痛症状，会出现腰部和脊肋角的剧烈刀割样疼痛，并向下腹部放射，男性可以放射到阴茎，女性可以放射到阴蒂。同时由于这种结石在肾脏内的活动，患者可能会存在有血尿症状，大多数表现为镜下血尿，大概10%可以表现为肉眼血尿。
结石如果形成了梗阻，会造成肾脏的积水，这种积水随着疾病的进展会引起肾脏的破坏，出现肾皮质变薄。如果发生在双侧梗阻，而且这种梗阻呈慢性进展的话，会积水扩大会造成肾功能的损害，最终可能会引起尿毒症。这种梗阻如果合并了感染，会造成严重的肾机能发生。
