肝门胆管癌由于位置特殊，在胆管未被肿瘤完全阻塞前常无特异临床表现，不易引起病人及外科医生的重视。随着病变的进展，在晚期可出现阻塞性黄疸的症状和体征，但最应注意的是进行性黄疸、腹痛和皮肤瘙痒症，这也是肝门胆管癌特征性的临床征象，具体如下：
黄疸是胆管癌是最重要的症状，黄疸的特点是进行性加重，且多属无痛性，少数病人黄疸呈波动性。尿色深黄，大便呈陶土色。
半数左右的患者有右上腹痛胀痛或不适、体重减轻、食欲不振等症状，有类似胆石症、胆囊炎的疼痛。也可伴随有其它症状，如出血倾向、精神萎顿、乏力和脂肪泻、腹胀等。
皮肤瘙痒是因血液中胆红素含量增高，刺激皮肤末梢神经而致。
