第三脑室肿瘤性质多样，来源复杂，位置较深，周围结构重要，容易产生并发症和后遗症，手术难度很高。治疗原则是：减轻症状，减少损伤，明确肿瘤性质，选择精准有效的治疗方式，达到满意疗效。
如果已发现某些敏感的肿瘤标志物，又有典型的影像学支持，考虑肿瘤对放疗、化疗高度敏感（如生殖细胞瘤等），可先进行微创活检手术，病理确定后进行精准有效的放化疗，达到治愈效果。
如果是三脑室的胶样囊肿、囊性肿瘤等，一般是首选内镜下微创手术治疗，彻底切除病变，同时解决脑积水；如果考虑胶质瘤、室管膜瘤等多采用微创开颅，纵裂入路，显微镜下手术切除肿瘤，必要时可以内镜辅助；术后根据病理结果，再辅助放疗和化疗，达到满意效果。
如果脑积水引起颅内压明显增高，病人一般状态较差，可先做脑室-腹腔分流解决脑积水，降低高颅压，等待身体条件允许，再选择适宜的治疗方式，最后也能获得满意效果。
