直肠性便秘主要原因是粪便在直肠停留时间长，水分过度吸收，造成粪便干结，导致直肠性便秘。正常情况下，一定量粪便到达直肠，会刺激直肠黏膜，感受器会产生便意，形成排便冲动。如果能上厕所，就可以完成顺利排便。以上任一环节出现问题，就可能导致直肠性便秘。
- 粪便体积小，不容易产生便意。与进食量少或过于精细饮食有关。吃得少，粪便少；吃得精，粪便少，感觉不到粪便，但直肠会吸收粪便中的水分，导致直肠性便秘。所以多吃粗粮，多喝水可以增加粪便体积。
- 直肠黏膜感受器敏感性减弱，导致粪便长时间堆积于直肠，而水分过度吸收，导致直肠性便秘。经常灌肠的人群或长期憋便者容易造成直肠粘膜敏感性下降，所以有了便意尽量去厕所，便秘也不能依赖灌肠。
- 由于恐惧排便，也有故意憋便的情况，也会导致直肠性便秘。肛裂痔疮患者，排便疼痛，有的人恐惧排便，会憋便，导致直肠性便秘。有的肛门术后疼痛，也会憋便。还有的人有洁癖，嫌弃卫生间条件差，故意憋便的情况，也会导致直肠性便秘。
