青光眼手术在眼科临床上属于常规手术操作，手术风险相对比较小，但是任何手术都会存在一定的风险。
- 比如在进行青光眼手术时，有可能出现的手术中的出血、疼痛，手术后的感染，迟发性的前房出血。极个别病人由于术前长期的高眼压，手术中眼压的骤然下降还可能会出现驱逐性脉络膜上腔出血，虽然发生率很低，但是，如果发生，对眼球的影响还是比较大的。
- 另外，青光眼手术的目的是将过高的眼压降低至正常范围内。但是有的病人会眼压降得过低，出现前房浅或前房消失或脉络膜脱离。有的病人手术后眼压可能会控制不理想，需要继续用降眼压药或进行二次手术等进行治疗。极少数的病人还会出现恶性青光眼，较为严重者，需要行晶状体手术治疗。
