儿童斜视的病因较为复杂，至今还不是很清楚，具体分析如下：
病因主要包括解剖结构异常、神经支配异常、调节因素异常以及融合机能缺陷。解剖结构异常是由于眼外肌发育异常或眼的附属器解剖异常；神经支配异常通常是集合神经冲动过强或集合中枢张力不足；调节因素异常主要是远视性屈光不正过度集合发生内斜视，近视眼集合不足出现外斜视。融合机能缺陷是双眼视力不等，单眼视觉剥夺等因素妨碍双眼融合。
主要病因有先天发育异常，通常在出生或在出生早期即可发现；后天疾病，包括颅脑外伤、颅内炎症、肿瘤压迫、血管病变或中毒等。
